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棘阿米巴角膜炎的诊断建立在从角膜病灶中取材涂片染色找到棘阿米巴原虫或从角膜刮片培养出棘阿米巴的基础上。常用的染色方法有giemsa染色、pas染色和gram染色,前两种染色可以显示典型的包囊,有条件者,行荧光钙白染色(荧光显微镜检查)。棘阿米巴培养需使用大肠杆菌覆盖的非营养性琼脂培养基。必要时可作角膜活检。角膜共焦显微镜有助于棘阿米巴角膜炎的活体诊断。